Asıl adı Yılmaz Pütün'dür. 1937’de Adana’da doğan Yılmaz Pütün (Güney), lise yıllarında, bisikletiyle sinemadan sinemaya on altı milimetrelik film bobinleri taşıyarak sinemaya ilk adımını atar. Sinemaya daha yakın olabilmek için Ankara Üniversitesi Hukuk Fakültesini bırakır ve İstanbul Üniversitesi İktisat Fakültesi’ne yazılır.

Sinemaya olan sevgisini şöyle özetliyor: "Sinemayla karşılaşmam 13 yaşındayken oldu. Kavgalı dövüşlü filmlerin gösterildiği fukara sinemalarına gidiyorduk. Kendimizi daha rahat hissediyorduk bu sinemalarda. Mesela bir Galatasaray Sineması vardı, çok güzeldi. Önünden geçer bakardık ama çok lükstü gitmeye korkardık. İstesek parasını verip girebilirdik. Ama ne kıyafetimizi ne de yapımızı uygun görmezdik o sinemaya."

Yılmaz Güney oynadığı filmlerde haksızlığa uğramış halktan insanları canlandırdı. Güney, yapımcılığını, yönetmenliğini, senaryo yazarlığını ve oyunculuğunu üstlendiği Seyit Han/Toprağın Gelini (1968) filmiyle ileride kendi adıyla anılacak olan film türünü ortaya çıkardı. Bu filmde, sevdiği kıza kavuşmak için tüm kötüleri tek tek ortadan kaldıran, ama sonunda bilmeden sevgilisini de öldüren bir yalnız kahramanı canlandırıyordu. Daha sonraki dönemlerde, genellikle Spagetti Westernler ile benzerlik gösteren bazı filmlerde rol aldı; bu tür filmleri yazdı ve yönetti. Bu açıdan, Türk Sineması'nın en özgün kişilerinden biri olarak görülmektedir.
Güney, sonraki Aç kurtlar (1969), Umut (1970), Umutsuzlar (1971), Acı (1971), Ağıt (1971) gibi filmlerinde ülke gerçeklerine değinen ve ezilen insanı odak olarak alan bir anlatım geliştirdi. Yaşamı olanca gerçekliği içinde yansıtmaya çalışan bu sinema, bir yönüyle 2. Dünya Savaşı sonrasında İtalya'da gelişen Yeni Gerçekçilik Akımı'nı, bir yandan da geleneksel halk destanlarını anımsatmaktadır.
Güney, 1974'te yönettiği Arkadaş'ta ve daha sonra hapse girdiği için Şerif Gören tarafından tamamlanan Endişe`de (1974), gene hapse girdiği için sadece senaryosunu yazdığı, Şerif Gören tarafından yönetilen Yol`da (1982), ölümünden önce yurtdışında yönettiği son filmi Duvar`da (1983) kendine özgün tema ve anlatım biçimlerini geliştirerek uyguladı. Yurtdışına çıktıktan sonra kurgusunu yapıp gösterime çıkardığı Yol, 1982 Cannes Film Şenliği`nde Kayıp (Missing) adlı filmle birlikte büyük ödül olan Altın Palmiye'yi paylaşarak Türk sinemasına tarihinin en önemli ödüllerinden birini daha getirdi.
Güney 1974 yılında Yumurtalık Savcısı'nı öldürme suçundan, 18 yıla mahkum oldu. 1981 sonunda izin alarak ayrıldığı Isparta Cezaevi'ne dönmeyen Güney, daha sonra Fransa'ya sığındı. 1983'te Türk vatandaşlığından çıkarıldı. 9 Eylül 1984'te kanserden öldü ve orada toprağa verildi.